Het geheel van museumoperatie en erfgoed is sinds 2022 ondergebracht in twee stichtingen. Stichting Slot Zuylen, in 1952 opgericht door de laatste bewoners van het kasteel, het echtpaar Van Tuyll van Serooskerken – Van Lynden, is eigenaar van de collectie, panden en terreinen. De stichting is verantwoordelijk voor het beheer en behoud van het erfgoed. In Stichting Exploitatie Slot Zuylen zijn de museale operatie en het personeel ondergebracht. Beide stichtingen erkennen het belang van goed bestuur en onderschrijven de Code Cultural Governance en de Code Diversiteit en Inclusie. Verder is Slot Zuylen sinds 2007 opgenomen in het museumregister en is het lid van de Museumvereniging.